上海交通大学人文学院历史系成立于2003年。截止2016年2月，本系共有全职教师22名（教授7人，特别研究员1人，副教授6人，讲师与助理研究员8人）。
历史系设有中国史一级硕士点，下设中国古代史、中国近代史、中国现代史和专门史四个二级硕士点。2017年招生7名（含推免生）。古代史方向强调新史料与社会科学方法的结合，近代史方向强调档案文献与重大问题的结合（东京审判、抗日战争、对外关系），现代史方向强调县级档案的深度分析，专门史中的环境史与疾病史方向强调学科交叉与国际化视野。历史系的研究生教育秉持精品培养，每届均有硕士生在就读期间在权威学术期刊上发表论文、进行海外访学、参加国际学术会议。上海交大历史系硕士生毕业后主要进入海外著名高校继续深造，或进入上海及周边地区国有企业、事业单位、机关任职。
本系遵循“注重基础文献、服务国家重大战略、进行学科交叉”的学科发展原则，目前形成多个研究中心与团队。地方文献研究中心注重资料建设，收藏来自浙江、安徽、福建和江西等地的契约文书共35万件，整理民国江津司法档案数千卷，开展地权、产业、人口、会社、建筑、物价相关研究。东京审判研究中心得到国家有关部门的大力支持，正在进行与东京审判有关的文献整理、出版与研究工作。世界反法西斯战争研究中心2014年获批为上海市社会科学创新研究基地，发掘海外中国抗日战争的史料，展开了抗日战争史研究。环境史与疾病史研究团队致力于中国传染病史、海洋生物种群变迁史之研究，在这两个领域取得一系列为人瞩目的研究成果。中国近现代史研究团队以大量市县档案为中心，对1950年代的政治、经济与社会变迁展开深入研究。历史地理研究团队正在开展民国时期地理信息系统等方面的研究工作，建成《中国历史地图地理信息平台》。
历史系教师目前承担重大项目有：教育部人文社科重大项目1项——东京审判研究（首席专家程兆奇教授）；国家社科重大项目4项——传染病对中国历史的影响与冲击综合研究（首席专家曹树基教授）、历代儒家石经文献集成（首席专家虞万里教授）、国际视野下的中国抗日战争（首席专家吕彤邻教授）、抗战胜利后国民政府对日本战犯审判研究（1946-1948）（首席专家刘统教授）。
历史系目前共有13名硕士生导师，其个人简介如下：
曹树基，系主任、特聘教授、博士生导师。研究方向：现当代史、社会经济史、历史地理学。曹树基教授是中国地理学会历史地理专业委员会委员，中国经济史学会理事和中国社会史学会常务理事。主持国家社科基金重大项目“近500年代传染病对中国社会的影响”，在Modern Asian Study，《历史研究》等权威刊物发表论文多篇。
虞万里，特聘教授，博士生导师。研究方向：历史文献学，经学文献。曾任上海社会科学院研究员，主持国家社科基金重大课题“历代儒家经石刻文献集成”，主编CSSCI来源集刊《经学文献研究集刊》。
吕彤邻：讲席教授，博士生导师，上海市千人计划。研究方向：抗日战争史。普林斯顿大学文学博士，曾任加拿大蒙特利尔大学教授，主持国家社科基金重大项目“国际视野下中国共产党领导的人民战争”。
程兆奇：教授，学科带头人，博士生导师。东京审判研究中心主任。研究方向：东京审判与中日关系。主持教育部人文社会科学重大攻关项目“东京审判若干重大问题研究”。主编《远东国际军事法庭证据文献集成》，获国家重大出版项目资助。
李玉尚：教授，人文学院副院长，博士生导师。研究方向：历史地理学、环境史。教育部新世纪人才，出版《海有丰歉》等著作，在《历史研究》、《Journal of World History》发表论文多篇。
张志云：特别研究员，博士生导师。研究方向：近现代史、中外关系史、海关史。英国布里斯托大学博士，布里斯托大学荣誉研究员、台湾“中研院”地理资讯科学专题研究中心、台湾政治大学人文研究中心兼任研究员。英国Pickering & Chatto出版社The Making of Modern China系列丛书编辑。著有Government, Imperialism and Nationalism in China: The Maritime Customs Service and its Chinese Staff等著作，在China Quartely 等国际权威刊物发表论文多篇。
章毅：副教授。研究方向：明清史、区域社会史、地方文献研究。香港中文大学博士，上海市浦江人才。著有《理学、士绅与宗族：宋明时期徽州的文化与社会》等著作，获“香港中文大学青年学人论文奖”。在《文史》、《中国文化研究所学报》发表论文数十篇。
潘星辉：副教授。研究方向：明清史、政治制度史。北京大学博士，曾任香港城市大学、香港公开大学讲师。著有《明代文官铨选制度》，发表论文十余篇。
任玉雪：副教授。研究方向：历史地理学、东北区域社会史。复旦大学博士，中国东北历史与社会研究中心执行主任、主持《中国历史地图历史地理信息平台》。曾任密歇根大学博士后。在《“中研院”历史语言研究所集刊》等国际知名刊物发表论文多篇。
王媛：副教授。研究方向：艺术史、建筑社会史。同济大学博士，曾任哈佛燕京学社访问学者。在《近代史研究》等权威刊物发表论文多篇。
张朝阳：副教授。研究方向：法律史、地方文献研究。加州大学伯克利分校博士，曾任华东师范大学青年研究员，著有《中国早期民法的建构》，在Journal of Asian History, Monumenta Serica(华裔学志)等国际知名刊物发表论文多篇。
蒋勤：副教授。研究方向：社会经济史、区域社会史、科举与传统社会研究。香港科技大学博士，在《“中研院”历史语言研究所集刊》、《中共党史研究》等权威刊物发表论文多篇。
丁雁南：讲师。研究方向：历史地理学、海洋史、城市史。比利时鲁汶大学博士，在Journal of Historical Geography等国际知名刊物发表论文多篇。
更为详细的导师情况介绍可参见上海交通大学人文学院历史系网站：http://history.sjtu.edu.cn/
研究生报考情况请参见研究生院网站：
