主要著作：
△《南京大屠杀研究——日本虚构派批判》增订本，上海交通大学出版社，2017年；
△《东京审判：中国的记忆与观点》（程兆奇、宋志勇、张生、翟新、何勤华，全书253页中本人论文占136页），剑桥大学出版社，2016（Tokyo Trial: Recollections and Perspectives from China, Cambridge University Press, 2016.）；
△《东京审判——为了世界和平》（程兆奇、赵玉蕙、龚志伟、张素萍、徐持，本人撰写九章中四章），上海交通大学出版社，2016；
△《歧羊斋史论集》，上海交通大学出版社，2013年；
△《日本现存南京大屠杀史料研究》，上海人民出版社，2008年；
△《南京大屠杀研究——日本虚构派批判》，上海辞书出版社，2002年；
△《外敌威逼下的文治世界——宋代盛衰的几个侧面》，上海书店2002年3月第1版。
主要编纂：
△《战争审判研究》（主编，战争审判与世界和平研究院院刊），2021年起；
△《远东国际军事法庭庭审记录·全译本》（程兆奇、向隆万、叶兴国主编，第二辑十五卷），上海交通大学出版社，2021年；
△战争审判研究丛书（主编），上海交通大学出版社，2020年起，已出版两种；
△东京审判研究丛书（主编，国家十二五出版重点图书），上海交通大学出版社，2011年-2020年，出版十余种；
△《中国对日战犯审判档案集成》（马振犊、程兆奇主编，一百卷），上海交通大学出版社、国家图书馆出版社2020年；
△《远东国际军事法庭庭审记录·全译本》（程兆奇、向隆万、叶兴国主编，第一辑十卷），上海交通大学出版社，2017年；
△《远东国际军事法庭庭审记录·中国部分》（主编，中文版十二卷），上海交通大学出版社、国家图书馆出版社，2016年；
△《国际检察局讯问记录索引、附录》（主编，三卷），上海交通大学出版社、国家图书馆出版社，2015年；
△《远东国际军事法庭证据文献集成索引、附录》（主编，三卷），上海交通大学出版社、国家图书馆出版社，2014年；
△《远东国际军事法庭庭审记录索引、附录》（主编，三卷），上海交通大学出版社、国家图书馆出版社，2013年；
△《东京审判研究手册》（程兆奇、龚志伟、赵玉蕙编著），上海交通大学出版社，2013年。
参与编纂：
△《国际检察局讯问记录》（高红、程兆奇编纂办公室主任，七十卷），国家图书馆出版社、上海交通大学出版社，2015年；
△《远东国际军事法庭证据文献集成》（高红、程兆奇编纂办公室主任，五十卷），国家图书馆出版社、上海交通大学出版社，2014年；
△《远东国际军事法庭庭审记录》（高红、程兆奇主编，八十卷），国家图书馆出版社、上海交通大学出版社，2013年。
主要论文：
△《东京审判的历史意义不容抹杀》，《抗日战争研究》2022年第4期；
△《中国对日本战犯审判研究三题》，《民国档案》2022年第1期；
△《中国因素对于东京审判的意义》，《战争审判研究》第一辑，2022年1月；
△《昭和天皇战争责任再检讨》，《军事历史研究》（解放军政治学院）2015年第6期，转载《人大复印资料·世界史》2016年第2期；
△《日本南京大屠杀争论的回顾与展望》，《军事历史》（军事科学院）2014年第6期；
△《〈远东国际军事法庭庭审记录〉、检索工具及人名问题》（程兆奇、赵玉蕙），《近代史研究》2014年第5期；
△《东京审判再检讨》，《军事历史研究》（解放军政治学院）2014年第4期；
△《中国东京审判研究的新进展》，《民国档案》2014年第1期；
△《小川关治郎证词的再检讨——东京审判有关南京暴行罪被告方证词检证之二》，《江海学刊》2010年第4期，转载《人大复印资料·世界史》2010年第11期；
△《南京大屠杀研究的几个问题》《史林》2010年第4期，又载《过去的经验与未来的可能走向：中国近代史研究三十年（1979～2009）》论集，社科文献出版社2010年10月第1版，转载《人大复印资料·中国现代史》2010年第12期；
△《谈“伪军”——〈伪军〉书后》，《史林》2009年第3期；
△《松井石根战争责任的再检讨——东京审判有关南京暴行罪被告方证词检证之一》，《近代史研究》2008年第6期，转载《人大复印资料·世界史》2009年第3期；
△《从〈东京审判〉到东京审判》，《史林》，2007年第5期，转载《人大复印资料·中国现代史》2008年第1期；
△《日本现存南京大屠杀史料概论》，《社会科学》，2006年第9期，转载《人大复印资料·中国现代史》2006年第12期，日译由日本东京财团翻译出版；
△《早期儒家的和谐观》、《多元文化视野下的和谐社会》，上海书店出版社2006年5月第1版；《杭州师范学院学报》2016年第2期
△《传统中国的意义》，《社会科学》2006年第2期；转载《人大复印资料·历史学》2006年第5期；
△《六十余年前的特殊“口述历史”——〈中共谍报团李德生讯问记录〉书后》，《史林》，2005年第5期；
△《〈近世中国学术通变论丛〉书后》，《近代史研究》2005年第2期；
△《八一三日军死伤钩稽》、《宝山城攻防史料钞》、《论史传经》，上海古籍出版社2004年8月第1版；
△《侵华日军军风纪研究——以第十军为中心》，《近代史研究》2004年第3期；
△《小川关治郎和〈一个军法务官的日记〉》，《史林》2004年第1期；转载《人大复印资料·世界历史》2004年第3期；
△《批评的界限——对张紫葛传记质疑的再检讨》，《上海行政学院学报》2004年第1期，又载《BLUE》2004年第1期；
△《日本〈南京学会年报〉辨析》，《近代史研究》2003年第6期；
△《南京大屠杀札记》之二（8～14篇），《史林》2003年第1期；
△《南京大屠杀是东京审判的编造么？》，《近代史研究》2002年第6期；
△《日军屠杀令研究》，《历史研究》2002年第6期；
△《再论“百人斩”》，《江苏社会科学》2002年第6期；
△《南京大屠杀札记》之一（1～7篇）《史林》2002年第3期；
△《对〈真相·南京事件——检证拉贝日记〉的检证》，《近代史研究》2002年第2期；
△《以元佑两例看宋代朋党及其对世风的戕害》，《学术季刊》2002年第1期；转载《人大复印资料·宋辽金元史》2002年第3期；
△《略论宋代的恢复情结》，《史林》2001年第3期；
△《宋初收权得失略论》，《上海行政学院学报》2001年第3期；
△《陈东和靖康学潮》，《史林》2000年第2期。
相关评论和文章：
△《〈亚太战争审判·全纪实〉序》，《中华读书报》，2021年9月8日；
△《〈图说东京审判〉序》，《中华读书报》2019年8月7日；
△《〈东京审判征战记〉序》，《中华读书报》2018年9月26日；
△《〈另一个纽伦堡〉中文版序》，《中华读书报》，2017年4月5日；
△《我们为什么要回望东京审判》，《光明日报》，2016年11月14日；
△《〈远东国际军事法庭庭审记录·中国部分〉序》，上海交通大学出版社2014年4月；
△《中里成章〈帕尔——印度民族主义和东京审判〉中文版序》，法律出版社2014年3月；
△《〈远东国际军事法庭庭审记录索引、附录卷〉前言》（程兆奇、石鼎、赵玉蕙），上海交通大学出版社、国家图书馆出版社2013年12月；
△《〈远东国际军事法庭庭审记录〉前言》，国家图书馆出版社、上海交通大学出版社2013年9月；
△《〈东京审判：被忘却的纽伦堡〉中文版序》，上海交通大学出版社2013年版；
△《季南的建议和出版〈远东国际军事法庭庭审记录〉的意义》，《光明日报》2012年10月24日；
△《〈非常与正常——上海文革社会生活史〉序》，上海辞书出版社2011年6月出版；又刊于《炎黄春秋》2011年第6期；
△《从日本文献看南京大屠杀》，《南方周末》2009年4月30日；
△《南京大屠杀＝日中对话》，《人权与教育》（东京）2008年11月，总第419期；
△《中日两国能超越“历史”的障碍么？——中日关系断想之一》，《BLUE》（大阪）2005年第2期
△《〈近世中国学术通变论丛〉书后》，《近代史研究》2005年第2期
△《走向珍珠港之路》《历史月刊》（台北）2001年第12期；
△《中国大陆的日本观》，《历史月刊》2001年第6期；
△《〈柳如是别传〉和陈寅恪晚年心境》，《BLUE》2001年1期；
△《无惧的解剖日本人的精神世界——读〈南京大屠杀与日本人的精神构造〉》，《抗日战争研究》2000年第4期；日译载日本社会评论社《人权与教育》总第335期。
△《东京审判——为了世界和平》（程兆奇、赵玉蕙、龚志伟、张素萍、徐持），教育部第八届高等学校科学研究优秀成果奖，2019年；
△《东京审判文献数据库》，第四届中国出版政府奖，2018年；
△《南京大屠杀研究——日本虚构派批判》增订本，上海市第十四届哲学社会科学优秀成果二等奖，2018年；
△《远东国际军事法庭庭审记录》（全译本·第一辑10卷）（主编），上海市政协文史委员会、上海市出版协会“上海改革开放40年40种优秀文史图书”，2018年；
△《东京审判——为了世界和平》（程兆奇、赵玉蕙、龚志伟、张素萍、徐持），中国出版工作者协会“2017年度中国30本好书”；
△《远东国际军事法庭庭审记录·中国部分》（主编），第六届年中华优秀出版物提名，中国出版协会，2017；
△上海交通大学校长奖，2017年；
△《远东国际军事法庭庭审记录·索引、附录》（主编），第五届中华优秀出版物奖，中国出版协会，2015年；
△《远东国际军事法庭庭审记录·索引、附录》（主编），第十三届上海图书奖特等奖，上海新闻出版局，2014年；
△《松井石根战争责任的再检讨——东京审判有关南京暴行罪被告方证词检证之一》，上海市第十届哲学社会科学优秀成果一等奖，2010年；
△《侵华日军军风纪研究——以第十军为中心》，上海市第八届哲学社会科学优秀成果三等奖，2006年；
《南京大屠杀研究》，上海市第七届哲学社会科学优秀成果三等奖，2004年。
研究项目：
△日本战犯审判文献征集、整理与数据库建设，国家社科基金·抗日战争研究专项工程项目，首席专家，2016年，启动经费200万；2017年，滚动经费80万；2018年，滚动经费80万；2019年，滚动经费80万；2020年，滚动经费50万；2021年，滚动经费40万；
△东京国际军事审判全史，上海社科基金委托项目，首席专家，2016年，30万；
△东京审判文献搜集、整理、研究，上海交大985专项工程，首席专家，2012年，450万；
△东京审判若干重大问题研究，教育部重大攻关项目，首席专家，2011年，80万；
△东京审判对华暴行罪研究，国家社科基金，2008年立项；
△东京审判对华暴行罪研究，上海社科基金，2007年立项；
△日本现存南京大屠杀史料研究，国家社科基金，2003年立项；
△日本南京大屠杀论著研究，国家社科基金，2000年立项。
著作外译项目：
△《南京大屠杀研究——日本虚构派批判》
英文版获2018年国家出版基金“丝路书香”项目；
日文版获2018年国家社科基金“中华学术外译”项目；
韩文版获2018年国家社科基金“中华学术外译”项目；
俄文版获2020年国家社科基金“中华学术外译”项目；
德文版获2021年国家社科基金“中华学术外译”项目；
法文版获2021年国家社科基金“中华学术外译”项目；
△《东京审判——为了世界和平》
英文版获2017年国家出版基金“经典中国国际出版工程”项目；
韩文版获2018年国家社科基金“中华学术外译”项目；
日文版获2019年国家社科基金“中华学术外译”项目；
德文版获2019年国家社科基金“中华学术外译”项目；
俄文版获2021年国家社科基金“中华学术外译”项目；
阿拉伯文版获2021年国家社科基金“中华学术外译”项目。
